V roce 1858 nechal kníže Jan Adolf Schwarzenberg vyčlenit část lesů Šumavy na jihovýchodním úbočí boubínského masivu jako rezervaci. Záměrem bylo, aby původní prales „zůstal navždy zachován" pro budoucí generace a vyvíjel se podle zákonů přírody bez zásahu lidské ruky.

Již roku 1849 se zásluhou vimperského lesmistra Josefa Johna obrátila pozornost lesníků, botaniků a zoologů k šumavským pralesům. Toho roku byla totiž založena Česká jednota lesnická, jejíž první exkurze vedla právě na místa nynější rezervace. Porosty na úpatí Boubína měly už tenkrát ráz nedotčené krajiny a i tehdejší návštěvníci na ně hleděli s úctou a obdivem stejně jako my dnes. Lesmistr John, který exkurzi osobně vedl, měl později hlavní zásluhu na tom, že majitel se pro vyhlášení rezervace kladně rozhodl. V letech 1857 až 1859 byla vybudována Lukenská cesta, ohraničující prales po jeho horním obvodu (západní a severní strana). Jižní hranici tvoří strmě klesající průsek, východní pak vymezuje Kaplický potok. V místě, kde potok rezervaci opouští se koryto rozšiřuje a tvoří půvabné jezírko. Toto jezírko však není výtvorem přírody, nýbrž umělá vodní nádrž (založena v roce 1833 a do současné podoby zvětšena v roce 1857). V minulosti sloužila k nadržování vody při plavení dříví do sklárny v nedaleké Lenoře, popřípadě dále po řece Vltavě do Prahy nebo po přeložení v Želnavě až do Vídně. Koryto potoka od výtoku z jezírka proto bylo napřímeno a vydlážděno. Tento plavební kanál byl na svou dobu vynikajícím technickým dílem a dříví se po něm dopravovalo ještě v roce 1957.

Boubínký prales se nachází na úpatí pohoří Pažení (Basům) v nadmořské výšce 1.275 m, jež tvoří západní boční hřeben podkovovitého tvaru. Boubín představuje jeho nejvyšší vrchol (1.362 m). Východní oblouk se nazývá Velký Bobík a dosahuje výšky 1.263 m. Původní výměra pralesa při založení rezervace činila 86 ha a byla snížena po neblaze proslulé vichřici v roce 1870 na současných 47 ha. V té době padlo během 2 hodin větru za oběť 40.000 sáhů dřeva v polesí Zátoň. Další nepředstavitelné škody postihly celou Šumavu, která se již nikdy z této katastrofy nevzpamatovala (dnešní Šumava je úplně jiná než před rokem 1870). V roce 1933, po převzetí schwarzenbergského majetku československým státem, byla ochrana původního hercynského pralesa opět potvrzena. V roce 1958, ke stoletému výročí trvání rezervace, byla ochrana rozšířena ještě na další úseky lesa, takže rozloha činila zhruba 670 ha. Z toho připadalo na ochranné pásmo 183 ha, v němž se odstraňovalo pouze dřevo z kalamitních těžeb - tvořily jej vlastní vrchol Boubína a horský hřeben Pažení. Na zbytku bylo zavedeno hospodaření s omezenou těžbou (výběr jednotlivých stromů na výrobu resonančního dřeva).

Nadmořská výška části pralesovité rezervace se pohybuje od 920 m (u jezírka) do 1.110 m (nejsevernější cíp pralesa v místech, kde Lukenská silnice přetíná Kaplický potok). Až do roku 1949 se zde bez omezení vyskytovala jelení zvěř. Tím však značně trpěly nejmladší nárosty jedle, smrku a buku - na dlouhá léta degenerovaly ve vývoji, přičemž jedle byla téměř vyhubena. Později byl prales sice oplocen, avšak plot nezamezoval přístupu zvěře do rezervace. Ta se sem s oblibou stahovala, protože zde nalézala více klidu a bohatší a rozmanitější pastvu. Škody postupně nabyly takového rozsahu, že vzbuzovaly obavy o další existenci pralesa. Zmíněných 47 ha bylo tedy v letech 1965 až 1967 oploceno důkladně a zaveden návštěvní řád.

Dnes každoročně tisíce návštěvníků mají možnost prohlédnout si prales, který kdysi pokrýval naše hraniční hory. Některé dosud žijící stromy zde stály již v době panování císaře Rudolfa II., jiné pamatují třicetiletou válku a mnohý rozpadající se velikán se zelenal v době, kdy české zemi vládl Jiří z Poděbrad.

Návštěvníci vstupující do Boubínského pralesa poprvé si možná představují, že se budou prodírat neproniknutelnými houštinami a na každém kroku na ně čeká vzrušující dobrodružství. Boubínský prales je však jiný - spíše působí dojmem velebného přírodního chrámu, z jehož chladného a vlhkého přítmí se tyčí staleté stromy jako mohutné sloupy k zelené klenbě hustých korun stromů. Obrovští velikáni poražení vichřicemi obrůstají mechy a lišejníky a často se již na nich uchytilo nové potomstvo - malé zelené smrčky jako záruka nepřetržitosti života a nezdolnosti přírody.

Stromové patro pralesa tvoří převážně smrk (50% dřevní hmoty), buk (40%), a jedle (10%), místy se nacházejí jednotlivě roztroušené jilmy a kleny. Nejstarší jedle a smrky dosahují stáří 300 až 400 let; přesné zjištění věku je obtížné, protože kmen je často vyhnilý a letokruhy nelze spočítat. Tloušťka kmene 100 cm (měřeno ve výši 130 cm) a výška stromu 50 m zde není vzácností. Jistě jste již slyšeli o největším boubínském stromu „Králi smrků", který měl obvod 500 cm a byl vysoký 58 m. Kubický objem dřevní hmoty se odhadoval na 50 polometrů, což odpovídá 1 ha třicetiletého smrkového lesa. Byl vzdálen asi 600 m od jezírka a teprve v minulém století podlehl neúprosnému vlivu času.

Prastaré jedle a smrky vyčnívají vysoko z husté klenby buků a udivují nás nejen svými rozměry, ale i četnými tvary. Jde například o mohutné nádory, dvojáky, harfovitě zmnožené kmeny a zvláště zajímavé jsou smrky stojící jako trifidi na široce rozkročených chůdovitých kořenech (vznikly tak, že semena vzklíčila na padlých stromech či pahýlech). Vyvrácené stromy tvoří místy nepřekročitelné bariéry, zvláště v zamokřených partiích.

Geograficky patří prales do šumavské části hercynsko-sudetské oblasti. Na složení půdy se podílejí hlavně krystalické břidlice, ruly, svory a žula. Šumavský terén je i zde nepříliš výrazný - má oblé vrcholy a hřebeny i rozsáhlé náhorní plošiny, jak tomu bývá u starých pohoří. Ze zvěře oživující zdejší lesy lze uvést zvěř jelení a černou, v nižších polohách srnčí a zaječí, dále tetřeva, jeřábka, lišku, kunu, jezevce, rysa, káně, poštolku, krahujce, jestřába, sokola a sovy).

Do Boubínského pralesa se nejsnáze dostaneme vlakem (trať Volary- Vimperk) - vystoupíme v Lenoře nebo v Zátoni a poté jdeme pěšky romantickým údolím Kaplického potoka kolem hájovny Idina pila k jezírku a na vrchol Boubína a dále po vyznačené turistické trase až do Kubovi Huti. Lze rovněž vystoupit v Kubově Huti a prohlídku provést opačným směrem. Motoristé mohou jet přes Zátoň přímo k hájovně Idina pila, kde se nalézá parkoviště.