Nejstarší jméno obce „Na Hirzowe“ bylo uvedeno na darovací listině purkrabímu Hirzovi králem Přemyslem Otakarem II. dne 27.března 1268. V pozdějších darováních je uváděno jméno „Hirzow“, ale v knize biřmovaných z roku 1376 je již uvedeno jméno Wltaua, v seznamu rožmberského panství z let 1457 – 1460 je uvedeno jméno Wultag a v listině kláštera ve Schläglu z roku 1457 jméno Wulda. Od roku 1918 se obec jmenuje Dolní Vltavice.

Osídlení podél staré soumarské cesty mohlo být dávno před rokem 1268. Hirzo zemřel 13.května 1275 bez dědiců a daroval klášteru ve Zlaté Koruně 13 obcí, mezi nimi i Dolní Vltavici. Okolo roku 1250 tvořila Vltava hranici s Rakouskem a Bavorskem. Když se v létech 1256 až 1258 přesunula hranice Českého království asi na stávající linii, zůstala Dolní Vltavice nadále významným místem čilého obchodu, kdy zde bylo vybíráno mýto pro krále. Vedle vlastního statku Mokrá, který byl založen již dříve, je Dolní Vltavice největším a nejvýznamnějším založeným osídlením purkrabího Hirze. Náměstí bylo dlouhé 190 a široké 90 kroků. V roce 1332 byl založen „Dvůr před Vltavicí, známý jako Boarhof, s mlýnem. Oproti sousednímu schläglskému Haagerhofu, který byl v roce 1783 vyčleněn z církevního majetku, vykonával Boarhof robotu až do jejího zrušení. Další osidlování lesního území kláštera ve Schläglu, na němž později vznikla obec Kyselov, Lužní a Bažinný mlýn a vesnice Kozí Stráň, pokračovalo pomalu.

Po založení „Dvora před Vltavicí“ bylo založeno mýto kláštera Schlägl jako „Mýto před Vltavicí.“ Toto bylo asi nejprve ve dvoře samotném, později bylo přemístěno přímo vedle mostu do domu „Bonner-Festlhaus.“ Jméno mýtní dům se udrželo až do odsunu Němců. Až do konce 19.století byl most přes Vltavu v Dolní Vltavici dřevěný. Byly zde časté velké záplavy, které při nárazech ledů most mnohokrát poškodily, strhly a odnesly. Železný mřížový most byl v Dolní Vltavici postaven teprve na počátku 20.století. Na jaře 1946 byl odplaven pomocný most postavený Američany.

V roce 1350 obdržela Dolní Vltavice práva městyse, spojené s povinností opevnit Dolní Vltavici proti vnějšímu nepříteli. Kostel v Dolní Vltavici byl až do prvé světové války obehnán po celém obvodě zdí 2 m vysokou a 1 m silnou. Obezděný prostor okolo kostela poskytoval dostatek místa, který mohl pojmout všechno obyvatelstvo, a tak je ochránit před přímým nebezpečím nepřítele. Je velice pravděpodobné, že Husité použili královskou cestu a průsmyk u Dolní Vltavice při svých vpádech do Rakouska. Již v roce 1424 byly rakouské vesnice kolem Ulrichsbergu vydrancovány a vypáleny. Po husitských nepokojích byla česká řeč prohlášena za úřední a objevuje se český název obce – Vltavice. Rožmberkové se zmocnili kláštera Zlatá Koruna, který ležel v rozvalinách, i jeho majetku a tím se také dostala Dolní Vltavice do majetku Rožmberků.

Delegace poddaných z Dolní Vltavice dosáhla u zemského hejtmana v Linci v roce 1525 toho, že ne veškerá pozůstalost připadne klášteru. Při úmrtí hospodáře připadne klášteru druhý nejlepší vůl a při úmrtí selky druhá nejlepší kráva. Toto zmírnění lze přičíst obavám před selskými bouřemi, které v té době zuřily v Německu. Nový pán krumlovského panství, vévoda Johann Christian Eggenberg, povýšil v roce 1669 Dolní Vltavici podruhé na městys s právem pořádat dva veřejné výroční trhy, které bylo později rozšířeno na pět trhů. Tato práva potvrdila Marie Terezie v roce 1747 a Josef II. v roce 1782. Od roku 1785 byla císařem Josefem II. zavedena daň ze všech polí, luk a lesů. Pastviny, rybníky a vše co náleželo k půdě, bylo zdaněno. „Když bylo potom vše vyměřeno, platil každý občan podle výměry mezi 1 zlatým až 1 zlatým a 37 krejcary měsíčně.“ Pro srovnání. Pár volů stál 35 až 40 zlatých a kůň 80 až 100 zlatých.

Dne 5.července 1916 uhodil blesk do domu č.26 „Watzl“ a způsobil velký požár v Dolní Vltavici. Na třech stranách náměstí vyhořely domy do základů, protože vichřice během bouřky několikrát změnila směr. V domě č.26 „Watzl“ se udusil všechen dobytek, na živu zůstala pouze jedna kráva s telaty. V ostatních domech se podařilo dobytek z části zachránit. Při hašení ohně bylo zraněno mnoho lidí. Při tomto ohni shořel v domě č.23 „Hannesgregor,“ kde bydlel starosta, symbol práva městečka Dolní Vltavice. Šlo o černou, dřevěnou, železem pobitou lidskou paži, která o dnech výročních trhů, jako symbol práva, byla pro každého viditelně umístěna na pranýři. Pranýř s černou rukou, která třímala meč, byl symbolem práva a spravedlnosti městečka. Vždy osm dní před výročním trhem byla paže s mečem upevněna za zvonění zvonu na pranýř a opět osm dní po skončení trhu byla stejným způsobem sejmuta. Každý přečin byl v této době potrestán dvojitou peněžní pokutou.

Na pranýři v Dolní Vltavici byly zachovány úchytky pro paži s mečem a železný obojek pro upoutání odsouzenců. Vedle přestupců proti obecnímu právu byli pranýřem trestáni: rouhači proti Bohu, klející lidé, rvavé ženy, zloději ovoce, dřeva, pytláci, zloději ryb a padlé dívky. Poslední jmenované stávaly se železným obojkem na krku a slaměným věncem na hlavě během bohoslužeb; zlé ženy s „Fiedel“ – to bylo trestající nářadí ve formě houslí se dvěma dírami pro krk a ruce s náhubkem. Ženy, „které bily muže a nemravné kurvy“ byly posazeny obráceně na ze dřeva vyřezaného osla, přivlečeny na něm čtyřmi muži k pranýři a tam byly vystaveny všeobecnému posměchu. V Dolní Vltavici zůstal pranýř zachován až do zatopení v roce 1958.

Kostel stál v dolní třetině náměstí a nad kostelem stávala škola, postavená na počátku 20. století. Mezi kostelem a školou stával pranýř. Kostel v Dolní Vltavici byl postaven klášterem ve Schläglu před rokem 1350. Písemně je uváděn v roce 1355 farář Johannes. Má se za to, že kostel byl za husitských válek zničen, to ale není prokázáno, jisté ale je, že byl úplně zničen ve třicetileté válce. Potom byl postaven jen malý kostelík a až v roce 1767 byla zahájena výstavba nového kostela, který byl vysvěcen 22. května 1770. Kostel byl zasvěcen svatému Leonardu, který byl řádem cisterciáků ctěn jako oráč a chovatel dobytka. Protože bylo v Čechách velice málo kostelů zasvěceno sv. Leonardovi, byl kostel v Dolní Vltavici hojně navštěvován zemědělci z širokého okolí. Chovatelé dobytka byli toho přesvědčení, že přímluva sv.Leonarda, jako patrona dobytka, uchrání jejich zvířata od neduhů a nemocí.

Nově postavený kostel byla rotundovitá stavba se 34 m vysokou cibulovitou věží. V kostele bylo pět oltářů. Dlouhá loď s kopulovitou klenbou byla vyzdobena překrásnými freskami, které představovaly osm blahoslavených. Chor byl spojen s chrámovou lodí vítězným obloukem a ozdoben hodnotnými stropními freskami. Ručně malovaná okna z olovnatého skla, cenné varhany a široký žulový vstupní portál zvyšovaly krásu kostela. Později byla ke kostelu přistavěna mariánská kaple.

V kostele v Dolní Vltavici stávala busta krásné neznámé světice. Řezbářská práce nápadné krásy pochází z doby okolo konce 14. století a patří k nejstarším gotickým uměleckým dílům Šumavy. Odborníci přičítají toto dílo skupině umělců okolo Parléře. Protože má busta na zadní straně vyhloubeninu podobnou relikviáři, které sloužily k uložení a uschování relikvií, lze mít zato, že umělecké dílo vzniklo v době písemně doloženého vzniku kostela v roce 1355. Busta z lipového dřeva, poněkud poškozená, stojí dnes v Alšově galerii na zámku Hluboká nad Vltavou.

Zvláštní důvěře jako patron domácích zvířat se těšil svatý Leonard, jemuž byly na česko rakouském pomezí zasvěceny kostely v Dolní Vltavici a v rakouském Schläglu. Pramonstráti kteří do Schläglu přišli z jihočeského Milevska, vydali již v roce 1529 řád pro leonardovské pouti a slavnosti obětních železných zvířátek. Připojen byl tehdy i řád pro řemeslníky, kteří obětní železná zvířátka u hřbitovní zdi prodávali. Obětní železná zvířátka byla majetkem kostela sv. Leonarda a „zástup mužů i žen, poutníků i poutnic hrne se ke skříni a vybírají si podle svého majetku oběti. Vážně, s plnou důvěrou o účinku jejich. Kolik má sedlák koní a krav, tolik nabere figurek do klobouku, klekne před hlavním oltářem, modlí se a prosí za přímluvu sv. Leonarda. Potom jde s figurkami kolem oltáře, hodí trochu peněz do pokladnice a nakonec hodí figurky zase do skříně, odkud je vzal, aby zase jiní mohli je obětovati.“

V pověstech, pohádkách a pověrách se kovář často honosí zvláštní mocí a nadpřirozeným kouzlem. Kovář koním i lidem trhá zuby, hojí člověka i zvířata a chrání je před učarováním. Tak mu byla svěřena významná práce, aby pro oběť patronu dobytka ukoval železné figurky obětovaných zvířat. Nejstarší figurky jsou těžké a často bývají hlava i ocas přivařeny, často i jen naznačeny. Ty mladší již mají přiletované nožičky a nejmladší figurky jsou upraveny z tenkého plechu. „Železná kráva“, jak se těmto obětním kovových zvířátkům říkalo, byla symbolem povinnosti sedláka vůči kostelu. Nebyla to však vždy jen „železná kráva“, ale i obětní svině s namalovanými selátky či hříbě

Druhý kostel zasvěcený sv. Leonardu byl v Dolní Vltavici a byl po svém zakladateli nazýván také Herzov. Teprve v roce 1505 se uvádí tato osada pod jménem Wltavicze a v české listině, ve které „Petr z Rožmberka, pán na Krumlově, vesnici tuto právem městským obdařil.“ Farní chrám zde měl svého faráře již roku 1384 a duchovní správu zde vykonávali premonstráti z rakouského Schläglu. Po napuštění lipenské přehrady v roce 1958 byla vesnice i s kostelem zbořena a jsou pod hladinou Lipna.